Otro prototipo mantenido bajo llave por BMW M fue una variante del E36 M3 Compact construida en 1996 como modelo único. BMW dice que la idea detrás de este modelo era presentar a los clientes más jóvenes, en particular, un punto de entrada en el mundo de los coches BMW M.
«Hasta cierto punto, el M3 Compact puede considerarse como el antecesor del actual BMW M2», afirma Jakob Polschak, jefe de construcción de prototipos de vehículos y talleres de la División BMW M. Si hubiera llegado a la producción, la potencia del motor del M3 probablemente se habría reducido un poco. En el prototipo, sin embargo, se le permitió dar rienda suelta a sus 321 CV, lo que facilitó el trabajo de propulsión de un coche ligero (que pesó sólo 1,3 toneladas).
«Es 150 kilos más ligero, más ágil, más firme y aún más intransigente», afirmó con entusiasmo la revista alemana «auto motor und sport» (número 13/1996) tras probarlo.
La segunda generación del BMW M3, que esta vez no se desarrolló específicamente para el deporte del motor, fue mucho más discreta. Presentado en 1992, su motor de seis cilindros desarrollaba inicialmente 210 kW/286 CV a partir de una cilindrada de tres litros y un par máximo de 320 Newton metros (236 lb-ft). También incorporaba el innovador sistema de control del árbol de levas VANOS. El nuevo modelo estableció dos récords mundiales: el de mayor potencia por litro (97 CV/l) y el de mayor par específico (108 Nm (80 lb-ft)/l) producido por un motor de aspiración natural de volumen.
En 1995 se realizó una amplia renovación del motor de seis cilindros en línea, que aumentó su cilindrada de 2.990 a 3.201 cc y su potencia a 236 kW/321 CV. Además, el nuevo motor empleaba el sistema Double-VANOS, que aportaba un control totalmente variable del árbol de levas tanto en la admisión como en el escape.
En el verano de 1996, el BMW M3 se convirtió en el primer coche de serie que se ofrecía con la opción de una caja de cambios manual automatizada SMG.